株式等の譲渡による所得については、他の所得と区分して次のように税額が計算されます。
１ 課税計算について
２ 税率について
市民税３％・県民税２％の合わせて５％です。また、譲渡の対象となる株式等が上場株式等である場合は、特例により税率が軽減されています。 ※ 税率表はこちら
３ 申告不要の株式等の譲渡について
株式等の譲渡のうち、証券会社等に開設した特定口座内で譲渡した上場株式等で源泉徴収を選択したもの（以下、「特定口座の源泉徴収選択口座分」といいます。）については、申告の必要はありません。ただし、特定口座の源泉徴収選択口座分以外の株式等に係る譲渡所得等の金額と損益を相殺するために申告をすることもできます。
申告しない場合と申告する場合の市・県民税における取り扱いは、それぞれ以下のとおりです。
３％の源泉徴収（市・県民税においては、特別徴収といいます。）で課税が終了します（この他に７％の所得税も源泉徴収されます。）。
３％（市民税1.8％・県民税1.2％）の税率で市・県民税所得割が課税され（分離課税）、特別徴収された税額は、まず所得割額から控除されます。所得割額から控除しきれなかった金額（控除不足額）がある場合には、均等割額に充当し、それでもなお充当しきれなかった金額は還付されます。
なお、申告を選択した場合、申告した上場株式等の所得は合計所得金額に含まれることになります。扶養の判定や非課税の判定、各種給付（所得の基準があるもの）等の判定に影響がでることがありますので、ご留意ください。
４ 損益通算・繰越控除について
株式等の譲渡による赤字は、株式等の譲渡以外の黒字から差し引くことができません。ただし、一定の要件の下に翌年以後３年間、その赤字を繰り越して各年の株式等の譲渡による黒字から差し引くことができます。 なお、平成22年度から、上場株式等の譲渡による赤字を上場株式等の配当所得の黒字から差し引くことができるようになりました。ただし、上場株式等の譲渡による赤字と差し引きできる上場株式等の配当所得は、申告分離課税を選択したものに限ります。 ※ 税制改正の詳細はこちら
